1939年底，中共中央决定陈云不再兼任延安中央党校校长，任命邓发为中央党校校长。邓发任校长后，谢觉哉仍是党校副校长，直至1940年9月他任陕甘宁边区中共中央局副书记、边区政府秘书长时才离开。
    邓发的校长职务，从1939年底开始到1943年3月结束，前后共有三年多的时间。这可以分为两个阶段，即1942年初中共中央党校改组前和改组后。关于1942年初中央党校改组后，他任校长时的中央党校情况，过去我在《毛泽东是怎样主办中央党校的》一文中大体上都已说过，这里不再重复。此文主要是想说明1942年初中央党校改组前他任校长时的中央党校情况。
    邓发初到中央党校时，党校组织机构基本上没有变化。学员班次到1941年初共有14个班，有学员近800人。是年5月间，因有的班次毕业还剩下11个班，共638人。到1942年初中央党校改组时，党校的班次已编到第 55班。55班，是党校进入延安后按数字顺序编班的最后一个班。
    上个世纪六十年初，我们延安中央党校校史调查组曾访问过当时在党校工作或学习过的刘芝明、张承民、杨英杰、谢北一（裴毅）、丁昭、高凤山等，据他们说，邓发任校长前期的中央党校课程，开始时仍基本上是五门课，即联共（布）党史、政治经济学、中国革命问题、党的建设和文化课。文化课包括语文、算术、地理、历史。文化班的党员还要上党的建设课。
    丁昭原在党校合作社工作。1940年2月他到40班学习。他们班的联共（布）党史是杨英杰讲的。高凤山是44班学员，他们班大部分是陕甘宁边区来的干部，也有从军队和晋绥地区来的干部，还有少数从敌占区来的知识分子。当时的课程有党的建设、唯物史观、社会科学概论、中国革命问题。党的建设是邓发讲的，一周讲一次。唯物史观是金铁群讲的。中国革命问题是张同舟讲的。联共（布）党史、社会科学概论课是谁讲的记不得了。谢北一说，他当时是马列主义研究室的助教，他曾给41、44班讲过联共（布）党史，还给其他班讲过唯物史观。那时党校和中央宣传部都是强调系统地学习马列主义，讲联共（布）党史，就是按《联共（布）党史简明教程》的章节顺序，一章一章地往下讲。讲唯物史观，实际上是讲社会发展史，从猿变人讲起，一直讲到资本主义。
    刘芝明说，这时学员大部分是从外边来的青年知识分子，还有从山西太原钢铁厂来的工人，从山西来的汽车司机。课程方面，还是讲条条，很少联系实际。教条主义很严重。我们这些人当时也都是讲条条。那时延安的其他学校，如洛甫（张闻天）办的马列学院、王明办的女子大学，比党校的教条主义还严重。1942年整风不仅是整历史上的教条主义，也是整延安当时存在的那种教条主义。延安当时的那种教条主义不整一下也是不行的。
    为求证当时延安马列学院的教条主义情况，当时我们校史调查组曾访问过时任马列学院副院长的王学文。他说，当时学院学员在墙报中曾给一位著名教授贴过一张墙报（实际上也就是类似后来的“大字报”），说这位教授的讲课是：“马克思：……，恩格斯：……，列宁：……，斯大林：……，×××（即这位教授）：0。”这就是说，这位教授讲课只讲马、恩、列、斯怎样说，而完全没有他自己的话。这自然是有些挖苦，但延安整风前各学校教员讲课，确实多是照本宣科，只讲概念，从引证到引证，很少有自己的话和发挥。
    1941年5月，毛泽东在延安高级干部会议作了《改造我们的学习》的报告，提出全党必须改造学习方法和学习制度，“干部学校的教育，应确立以研究中国革命实际问题为中心，以马克思列宁主义基本原则为指导的方针”。7月1日，中共中央政治局通过《关于增强党性的决定》。8月1日，中共中央发布毛泽东起草的《关于调查研究的决定》。8月27日，毛泽东在中央政治局会议上又明确指出：延安干部学校是一种概论学校，缺乏实际政策的教育。过去，我们只教理论，没有教如何运用理论。就像只教斧头本身，而没有教如何使用斧头去做桌子。提出对干部教育、学校教育、国民教育都要有一个大的改造。在这次会议上，中央还决定由张闻天等组织委员会，研究起草改变当时教育制度与方法的决定。
    在上述背景下，延安中央党校从1941年9月起，即停止学习原有的五门课，改学抗战以来的政冶、经济、军事、文化。其教材就是当时延安时事问题研究会编的抗战中的中国政治、经济、军事、文化四本书。课程改变之后，党校对原有的教研室也作了相应的调整，将原有的四个教研室合并为两个——时事政策研究室和理论研究室，分别由杨英杰和宫释夫任主任。
    当时党校为使教员了解实际情况，还同中共中央办公厅联系，派杨英杰、宫释夫、金铁群、刘晋等去中央办公厅看各地的报告和送来的有关材料，参加讨论有关时事政策的会议。派谢北一（裴毅）等去中央敌工部参加会议，收集了解敌后敌伪情况。谢北一根据收集来的材料，还给当时49班讲过我军在华北敌后的敌工工作。
    但是，上述这种变化只坚持三个多月便又结束了。其原因是，1941年12月1日中央政治局在讨论中央关于延安干部学校的决定草案时，毛泽东曾指出：这个草案很好，但有缺点。其缺点是“只强调研究实际，未说明研究理论的重要，只说要有的放矢，没有强调矢的重要。”“草案中对马克思主义理论与实际联系的问题没有解决好”。邓发是中共中央政治局委员，很可能他参加这次会议，认为毛泽东说得完全正确，而且感到党校只学习和研究抗战以来的政治、经济、军事、文化，实际上就是只研究现状而没有注意学习理论的重要。再加上党校自改为学习研究现状以来，在讲课、组织教学的过程中遇到许多困难。于是他与党校其他领导商量，便决定停止学习抗战以来现状的课程，而又恢复党校原来学习的几门理论课程。教研室也又恢复到原来的状况。
    但是，这个重新学习五门理论课和恢复各教研室的计划，因中共中央很快决定改组中央党校便又停止执行而结束了。
    1941年12月7日，日本海空军突袭美国珍珠港，美、英对日宣战，爆发了太平洋战争。因世界反法西斯战争和中国抗战的形势均发生了大的变化。中共中央及时提出“巩固自己”、“积蓄力量，恢复元气”以应对时局变化的方针。决定从华北调大批干部来延安，在两年内培养四五万名党的高级干部，以应对时局发展变化的需要。中共中央决定中央党校不再办县级干部班和文化班，而集中力量培训党的高级干部。为此，中共中央政治局于1942年1月17日通过了中央党校的改组计划。
    这个计划明确规定：党校教育的目的主要是为培养具有理论及独立工作能力的高级干部（地委、地常委、部队旅团级以上干部及个别县委书记）。已到延安的准备出席党的七大代表和军政学院的高干队集中到中央党校学习。住在中央研究院的七大代表可仍住在中央研究院，但都要归中央党校统一领导和管理。学员入校按文化程度分为正科、预科两种班。初中以上文化程度的编为正科班，学习时间2年；初中以下文化程度的编为预科班，学习时间 3年。由邓发负责，由邓发、王鹤寿、胡耀邦、曹轶欧等组成考试委员会，对入校学员进行考试。党校现有在校生，符合党校新的培养对象条件的，编入新班学习，不符合条件的分配工作。
    这个计划还决定对党校的组织机构作如下调整：
    仍由邓发任校长，新增秘书长一人，由黄火青担任，协助校长处理党校一切的日常事务。教务处在找到合适人选之前，由邓发兼任教务处长，副处长刘芝明。教务处下设三个科，教务科长张承民，副科长梁湘；注册科长章夷白，副科长孙敬民；图书材料科长李仲敬，副科长高山。取消原各教研室，教员宫释夫、刘晋、杨英杰、陈放等，助教许诺、陈作梁、王泽民等都归教务处直接领导。校务部，处长胡松，副处长牟泽衔。校务部下设四个科，总务科长牟泽衔兼任，会计科长吴力夫，卫生科长陆华，收发科长吴德清，还有校务部秘书张德温。